Yahoo!メール は、外部のメールボックスに配送されたメールを読み出すため、外部のPOP3アカウントを読み込む設定が可能です。

が、既読管理に RFC1460 で消え去った "LAST" を使用しています。そして、qmail-pop3d はLASTの実装がおかしいのです。qmail RFC violations がためになります。なーるほど。

ぐぐってみたところ、Milkys Homepage の patch でいけますね。netqmail とか使ってるとそのまま充てることはできないですけど、参考にはなります。
こんな初歩的な実装差異、netqmail で吸収して欲しいもんですが、誰も使ってないんでしょうかね。。。

追記メモ：
osecurity なるCGIで、RBL.jp チックなテストができるそうです。今回のサーバ入れ替えでは、qmail-smtp にもパッチを当てて気持ちよくなりました。。。ん？Private LAN 内からテストしてもRelayするに決まってるよなぁ。